Odliczenie ulgi B+R przez podmiot działający w SSE

Tematyka: Ulga B+R, koszty kwalifikowane, SSE, PDOPrU, Dyrektor KIS, WSA, interpretacja, podwójne odliczenie, limit zwolnienia, postulaty strony społecznej, NSA

Odliczeniu w uldze badawczo-rozwojowej podlegają koszty kwalifikowane nieuwzględnione w kalkulacji
dochodu zwolnionego z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34
PDOPrU, a osiągniętego z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń,
w przypadku wyczerpania limitu zwolnienia z podatku w trakcie roku.
Stan faktyczny
Komentowany wyrok (nieprawomocny) zapadł na gruncie przepisów obowiązujących od 1.1.2018 r. w następującym
stanie faktycznym: spółka z ograniczoną odpowiedzialnością (dalej: spółka) wystąpiła do Dyrektora Krajowej
Informacji Skarbowej (dalej: Dyrektor KIS) z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej, wskazując, że
prowadząc działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (dalej: SSE) na podstawie zezwolenia (dalej:
zezwolenie) prowadzi kalkulację dochodu uzyskanego w ramach tej działalności, zwolnionego z podatku
dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z 15.2.1992 r. o podatku dochodowym od
osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2020 r. poz. 1406; dalej: P DOPrU). W trakcie roku podatkowego spółka wyczerpała limit
dochodu podlegającego zwolnieniu zgodnie z wysokością określoną w zezwoleniu. Jednocześnie spółka prowadzi
działalność badawczo-rozwojową (dalej: B+R), w związku z czym ponosi koszty kwalifikowane podlegające
odliczeniu uldze B+R zgodnie z art. 18d PDOPrU.
Wniosek o interpretację
Na tle powyższego stanu faktycznego, spółka zwróciła się z pytaniem do Dyrektora KIS, czy może odliczyć w ramach
ulgi B+R za rok podatkowy 2020 koszty kwalifikowane, poniesione w miesiącach, w których korzystanie ze zwolnienia
z podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 PDOPrU, z uwagi na wyczerpanie limitu zwolnienia nie było możliwe,
a więc w miesiącach, w których poniesione koszty kwalifikowane nie zostały uwzględnione w kalkulacji dochodu za
rok podatkowy 2020 objętego zwolnieniem w związku z prowadzeniem działalności gospodarczej na terenie SSE na
podstawie zezwolenia?
Spółka stanęła na stanowisku, że jest uprawniona do dokonania odliczenia ww. kosztów w związku z tym, że
prowadzi precyzyjną ewidencję rachunkową umożliwiającą prowadzenie na bieżąco w trakcie roku, kalkulację
dochodu podlegającego zwolnieniu i w konsekwencji monitorowanie wysokości zwolnienia określonego w zezwoleniu
pod kątem jego ewentualnego wyczerpania. Spółka wskazała, że tym samym w związku z przekroczeniem limitu
zwolnienia w trakcie roku, jest w stanie precyzyjnie wskazać, które koszty kwalifikowane w uldze B+R nie zostały
uwzględnione w kalkulacji dochodu objętego zwolnieniem. Zdaniem spółki nie ulega bowiem wątpliwości, iż zgodnie
z art. 18d ust. 6 PDOPrU wyłączeniu z odliczenia w ramach ulgi B+R podlegają wyłącznie koszty ujęte w kalkulacji
dochodu objętego zwolnieniem na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 PDOPrU.
Stanowisko organów skarbowych
Dyrektor KIS uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe, prezentując pogląd, że w celu interpretacji postanowień art.
18d ust. 6 PDOPrU kluczowe jest zauważenie, że zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 PDOPrU w celu kalkulacji dochodu
podlegającego zwolnieniu podatnik zobowiązany jest zsumować wszystkie przychody i koszty z prowadzonej na
terenie SSE działalności objętej zezwoleniem, w celu określenia wysokości dochodu objętego zwolnieniem w danym
roku. Zdaniem Dyrektora KIS, oznacza to, że koszty uzyskania przychodów potencjalnie stanowiące koszty
kwalifikowane również są ujęte w kalkulacji dochodu objętego zwolnieniem, a tym samym podlegają pod wyłączenie
z art. 18d ust. 6 PDOPrU. Ponadto w opinii Dyrektora KIS, maksymalna intensywność pomocy publicznej ustalana
jest na dzień skorzystania przez spółkę z tej pomocy, tj. na dzień, w którym upływa termin na złożenie zeznania
rocznego i w konsekwencji spółka nie może ustalić jej w trakcie roku podatkowego.
Wyrok WSA
Spółka zaskarżyła interpretację w części dot. wykładni art. 18d ust. 6 PDOPrU do WSA w Rzeszowie, zarzucając
naruszenie przepisów prawa materialnego przez błędną wykładnię, polegającą na przyjęciu, że spółka nie jest
uprawiona do odliczenia w uldze B+R kosztów kwalifikowanych, które jako koszty uzyskania przychodów nie zostały
uwzględnione w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku w związku z wyczerpaniem limitu zwolnienia w ciągu
roku. WSA uznał, że skarga ma usprawiedliwione podstawy, wyjaśniając, że: „istotne jest, aby nie następowało
podwójne odliczenie tych samych wydatków – raz na potrzeby kalkulacji dochodu zwolnionego, a drugi raz dla celów
rozliczenia ulgi B+R i temu służy zastrzeżenie zawarte w art. 18d ust. 6 PDOPrU i w tym kontekście sposób kalkulacji
dochodu zwolnionego oraz odliczenia ulgi B+R wskazany przez Spółkę wykluczy dokonanie podwójnego odliczenia
tych samych wydatków”.

Komentarz
W mojej ocenie, należy zgodzić się z WSA, który w komentowanym wyroku wskazał, że wykładnia art. 18d ust. 6
PDOPrU pozwala na odliczenie kosztów kwalifikowanych dotyczących kosztów uzyskania przychodów uzyskanych
w ramach prowadzenia działalności na terenie SSE, ale nie ujętych już w trakcie roku w kalkulacji dochodu
zwolnionego z uwagi na wyczerpanie limitu określonego w zezwoleniu. W tym kontekście trudno nie zgodzić się
bowiem z WSA, że art. 18d ust. 6 PDOPrU ma na celu wykluczenie dokonania podwójnego odliczenia tych samych
kosztów, tj. raz poprzez ujęcie w kalkulacji dochodu korzystającego ze zwolnienia, a drugi raz w ramach ulgi B+R.
Oznacza to, że wyczerpanie limitu zwolnienia powoduje, że taka sytuacja nie będzie mieć miejsca.
Należy niestety zauważyć, że Dyrektor KIS pominął w swojej argumentacji kwestię prowadzenia przez spółkę na
bieżąco w ciągu roku kalkulacji dochodu zwolnionego i obliczania na tej podstawie zaliczek na podatek dochodowy,
co jest zresztą jej obowiązkiem. Złożenie zaś przez podatnika deklaracji po zakończeniu roku podatkowego, stanowi
jedynie ostateczne rozliczenie podatkowe całej działalności i tym samym nie jest to moment, w którym ustalany jest
dochód i podatek, poprzez porównanie tych wielkości z dostępnym limitem pomocy publicznej. W mojej ocenie,
wobec argumentów przedstawionych przez podatnika, treść omawianego przepisu nie powinna była zostać
zinterpretowana dla niego negatywnie.
Moim zdaniem, należy zauważyć, że również na gruncie wykładni celowościowej i systemowej argumentacja
Dyrektora KIS jest niepełna, co celnie zauważył WSA. Dyrektor KIS nie bierze pod uwagę, że obowiązujące od
1.1.2018 r. nowe brzmienie omawianego przepisu jednoznacznie wskazuje, że prawo do odliczenia przysługuje
jedynie w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych, które nie są przez podatnika uwzględniane w kalkulacji dochodu
zwolnionego. Zmiana umożliwiła korzystanie w pewnych okolicznościach z ulgi B+R przez podmioty prowadzące
działalność na terenie SSE i korzystające ze zwolnienia, a przyjęcie stanowiska Dyrektora KIS oznaczałoby, że
żadna nowelizacja korzystna dla podatników nie miała miejsca. W mojej ocenie, jak podkreślił WSA, nowelizacja
miała na celu poszerzenie możliwości korzystania z ulgi B+R.
WSA wydając wyrok powołał się na postulaty strony społecznej określone w Białej Księdze Innowacji i wyjaśnił, że
nowelizacja art. 18d ust. 6 PDOPrU z 1.1.2018 r. umożliwiająca korzystanie z ulgi B+R przez podatników
prowadzących działalność w SSE w odniesieniu do kosztów nie ujętych w kalkulacji dochodu objętego zwolnieniem
była odpowiedzią na te postulaty. Niemniej, korzystny dla podatnika wyrok został zaskarżony przez Dyrektora KIS.
Należy zatem przyjąć, że mimo korzystnego orzeczenia WSA negatywne dla podatników stanowisko Dyrektora KIS
w zakresie wykładni art. 18d ust. 6 PDOPrU ma szansę na zmianę dopiero po wydaniu rozstrzygnięcia przez NSA.

Wyrok WSA w Rzeszowie z 18.2.2021 r., I SA/Rz 32/21,

WSA w Rzeszowie uznał skargę spółki za usprawiedliwioną, argumentując, że wykładnia art. 18d ust. 6 PDOPrU pozwala na odliczenie kosztów kwalifikowanych, które nie zostały uwzględnione w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku. Decyzja Dyrektora KIS została skrytykowana za nieuwzględnienie obowiązku spółki prowadzenia bieżącej kalkulacji dochodu zwolnionego. WSA podkreślił, że zmiana przepisów z 2018 r. miała na celu poszerzenie możliwości korzystania z ulgi B+R przez podmioty działające w SSE.