Koszty pracownicze kwalifikowane do Ulgi B+R nie powinny uwzględniać wynagrodzenia związanego z nieobecnościami

W wyroku NSA z 23.11.2021 r. dotyczącym kosztów pracowniczych kwalifikowanych do Ulgi B+R ustalono, że należy wyłączyć wynagrodzenia za nieobecności pracowników. Spółka zaskarżyła interpretację Dyrektora KIS, co doprowadziło do korzystnego dla niej wyroku. NSA uznał, że czas nieobecności pracownika nie powinien być brany pod uwagę przy obliczaniu proporcji kosztów kwalifikowanych. To istotne stanowisko może zmienić dotychczasową praktykę interpretacyjną organów podatkowych.

Tematyka: Ulga B+R, koszty pracownicze, NSA, interpretacja podatkowa, proporcje kosztów kwalifikowanych, wynagrodzenia pracowników, nieobecności pracowników, podatki

W wyroku NSA z 23.11.2021 r., II FSK 1039/21,
stwierdzono, że na potrzeby obliczenia proporcji
kosztów kwalifikowanych do ulgi badawczo-rozwojowej (dalej: ulga B+R) nie należy uwzględniać czasu,
w jakim pracownik nie wykonywał pracy. Co więcej, w proporcji kwalifikowanych kosztów pracowniczych nie
powinny zostać uwzględnione należności pracownicze wypłacane w związku z okolicznościami, w których
pracownik faktycznie nie świadczył pracy i nie mógł wykonywać działalności badawczo-rozwojowej (dalej:
działalność B+R) z uwagi na urlop czy inną usprawiedliwioną nieobecność.
Komentowany wyrok zapadł w następującym stanie faktycznym: spółka z ograniczoną odpowiedzialnością (dalej:
Spółka) wystąpiła do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: Dyrektor KIS) z wnioskiem o wydanie
interpretacji indywidualnej, w którym wskazała, że prowadzi działalność gospodarczą dotyczącą wytwarzania
programów komputerowych i stron internetowych, a także działań z zakresu VR/AR. W ramach działalności Spółka
zatrudnia pracowników na podstawie umów o pracę. W związku z realizacją projektów informatycznych Spółka
ponosi m.in. koszty wynagrodzenia pracowników. Spółka prowadzi ewidencję pomocniczą, w której wyodrębnia
koszty związane z przeprowadzonymi pracami mającymi na celu rozwój działalności.
Na tle powyższego stanu faktycznego Spółka zwróciła się do Dyrektora KIS m.in. z pytaniem, czy wydatki na
wynagrodzenia pracowników obejmujące również wynagrodzenia za czas choroby oraz urlopu, można uznać za
kwalifikowalne koszty poniesione na działalność B+R, o których mowa w art. 18d ust. 2 i 3 ustawy o podatku
dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2021 r. poz. 1800 ze zm.; dalej: PDOPrU).
Spółka stanęła na stanowisku, że wskazane koszty mieszczą się w katalogu kosztów kwalifikowanych do ulgi B+R
i spełniają postawione w ustawie o PDOPrU wymogi dla uznania ich za wydatki kwalifikowane, należy zatem uznać je
za koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność B+R.
Dyrektor KIS w tym zakresie nie zgodził się ze stanowiskiem Spółki, wyjaśniając, że koszty wynagrodzenia
pracowników za czas choroby i urlopu nie mogą stanowić kosztów działalności B+R, ponieważ nie dotyczą czasu
pracy faktycznie poświęconego na realizację działalności B+R.
Spółka zaskarżyła interpretację do WSA w Poznaniu, a sąd orzekł na jej korzyść. Dyrektor KIS wniósł do NSA skargę
kasacyjną, zarzucając naruszenie przepisów prawa materialnego przez błędną wykładnię. Naczelny Sąd
Administracyjny uznał, że skarga kasacyjna jest zasadna, uzasadniając, że dla obliczenia proporcji kosztów
kwalifikowanych nie powinno się brać pod uwagę czasu, w jakim pracownik nie wykonywał pracy. Jednocześnie NSA
wskazał, że z kalkulacji kosztów wynagrodzeń do Ulgi B+R należy wyłączyć wynagrodzenia wypłacone za czas
choroby i urlopu.

Komentarz
W omawianym wyroku NSA zaprezentował niespotykany dotąd w orzecznictwie pogląd, zgodnie z którym, ustalając
koszty pracownicze na potrzeby Ulgi B+R, z proporcji czasu pracy należy wyłączyć czas dotyczący nieobecności,
a z kosztów kwalifikowanych należy wyłączyć należności pracownicze, które są wypłacane w związku z rzeczywistym
niewykonywaniem działalności B+R przez danego pracownika. Tym samym stanowisko wyrażone przez NSA
w komentowanym wyroku jest istotne z praktycznego punktu widzenia.
Z jednej strony, Sąd nie tylko zgodził się z jednolitą linią interpretacyjną organów podatkowych (stojącą
w sprzeczności z dotychczasową linią orzeczniczą sądów administracyjnych) w zakresie konieczności wyodrębnienia
z ulgi B+R tej części czasu pracy, która nie jest związana z działalnością B+R. Jednak z komentowanego wyroku
NSA wynika, że należności pracownicze wypłacane w związku z okolicznościami, w których pracownik faktycznie nie
świadczył pracy i nie mógł wykonywać działalności B+R nie mogą kwalifikować się do preferencji. W konsekwencji
NSA zaprezentował niekorzystny dla podatników pogląd, który w praktyce wprowadza konieczność pomniejszenia
przez Spółkę kwalifikowanych kosztów wynagrodzeń pracowniczych o wynagrodzenie związane z nieobecnościami
(w tym konieczność nieuwzględnienia wynagrodzenia przysługującego za okres urlopu). W praktyce oznacza to
uzyskanie mniejszego odliczenia z tytułu ulgi B+R.
W komentowanym orzeczeniu NSA przedstawił pogląd odmienny od wielu znanych orzeczeń sądowych dotyczących
kalkulowania wynagrodzeń pracowniczych na potrzeby ulgi B+R (por. wyrok NSA z 5.2.2021 r., II FSK 1038/19,
oraz wyrok NSA z 4.11.2021 r., II FSK 998/21,
). Zgodnie z nimi, przy obliczaniu kosztów
kwalifikowanych do ulgi B+R należy uwzględnić należności pieniężne wypłacone pracownikowi B+R bez względu na
to, czy dotyczą zapłaty za czas faktycznie przepracowany czy za czas usprawiedliwionej nieobecności w pracy
(urlopu, choroby). Takie podejście wydaje się zgodne z przepisem, ponieważ – jak wskazuje art. 18d ust. 2 pkt 1

PDOPrU – za koszty kwalifikowane uznaje się poniesione należności (…) w takiej części, w jakiej czas przeznaczony
na realizację działalności B+R pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu.
Z uwagi na powyższe istnieje ryzyko zmiany dotychczasowej linii orzeczniczej na niekorzyść podatników. Z drugiej
strony, zważywszy na to, że przepisy odwołują się do konieczności wyłączenia wynagrodzenia dotyczącego czasu
pracy związanego z działalnością inną niż działalność B+R, a wynagrodzenie za czas urlopu i innych
usprawiedliwionych nieobecności jest nierozerwalną i integralną częścią wynagrodzenia za pracę, a tym samym za
działalność B+R, istnieją argumenty za niewyłączeniem tego wynagrodzenia z ulgi B+R. Wystarczające w tym
zakresie może być wyłączenie czasu dotyczącego faktycznego niewykonywania działalności B+R na etapie
konstruowania proporcji. Pozostaje mieć nadzieje, że pogląd NSA nie utrwali się w kolejnych orzeczeniach.
Podsumowując, stanowisko Sądu zaprezentowane w komentowanym wyroku budzi wiele dodatkowych wątpliwości
pod kątem prawidłowej metody kalkulowania wynagrodzeń pracowniczych na potrzeby ulgi B+R. Jednocześnie
wygląda na to, że pomimo funkcjonowania ulgi B+R już od 2016 r. i doprecyzowującej nowelizacji przepisu będącego
przedmiotem sporu, wciąż podatnicy są daleko od uzyskania jednoznacznej wykładni w zakresie sposobu kalkulacji
wynagrodzeń.

Opracowanie i komentarz: Justyna Wojtasik, konsultant w dziale prawno-podatkowym PwC.
Wyrok NSA z 23.11.2021 r., II FSK 1039/21,

W omawianym wyroku NSA zaprezentowano nowatorskie podejście do kalkulowania kosztów pracowniczych kwalifikowanych do Ulgi B+R, co może wpłynąć na praktykę podatkową firm. Decyzja NSA o wyłączeniu należności pracowniczych związanych z nieobecnościami pracowników z ulgi może skutkować mniejszym odliczeniem podatkowym dla przedsiębiorstw. Stanowisko to budzi wątpliwości co do jednoznaczności interpretacji przepisów podatkowych.