Wykreślenie podatnika z rejestru VAT nie wymaga decyzji

Naczelnik Urzędu Skarbowego nie musi wydawać decyzji o wykreśleniu podatnika z rejestru VAT, ale powinien uzasadnić podstawę prawną i przesłanki tej czynności. Wyrok sądu potwierdza, że organ naruszył prawa podatnika, nie sprawdzając specyfiki jego działalności. NSA podkreślił konieczność adekwatnego komunikowania podatnikowi przesłanek decyzji o wyrejestrowaniu.

Tematyka: wykreślenie podatnika z rejestru VAT, Naczelnik Urzędu Skarbowego, przesłanki wyrejestrowania, wyrok NSA, ochrona praw podatników, decyzja administracyjna

Choć Naczelnik Urzędu Skarbowego nie ma obowiązku wydania decyzji o wykreśleniu podmiotu z rejestru
VAT, powinien należycie uzasadnić podstawę prawną celem wyrejestrowania podatnika oraz wskazać
przesłanki, którymi kieruje się podczas tej czynności. Wykreślenie podatnika na podstawie art. 96 ust. 9a
VATU nie jest w tym zakresie wystarczające.
Komentowany wyrok został wydany w następującym stanie faktycznym: spółka z siedzibą w Austrii (dalej: Spółka,
Skarżąca), nieposiadająca stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium Polski, była
czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług. Przeważającym rodzajem działalności Spółki było świadczenie
usług leasingu finansowego, a także świadczenie usług:
1. Zakupu, sprzedaży, wynajmu oraz wypożyczenia w formie transakcji leasingowych;
2. Wypożyczania maszyn, sprzętów, pojazdów samochodowych, środków transportu, urządzeń do przetwarzania
danych i maszyn biurowych;
3. Wynajmu i wypożyczania pozostałych dóbr inwestycyjnych i konsumpcyjnych wszelkiego rodzaju,
przeznaczonych dla przemysłu, handlu, rzemiosła oraz rolnictwa,
co zostało odpowiednio zgłoszone w formularzu identyfikacyjnym NIP-2 przy okazji rejestracji Spółki do VAT na
terytorium Polski.
Spółka przez okres 2,5 roku w złożonych deklaracjach VAT nie wykazała czynności opodatkowanych, zarówno po
stronie podatku należnego, jak i podatku naliczonego, na skutek czego Naczelnik Urzędu Skarbowego (dalej:
Naczelnik US) zawiadomieniem z 19.3.2018 r. wykreślił Spółkę z rejestrów VAT i VAT-UE. Za podstawę prawną
posłużył art. 96 ust. 9a pkt 3 ustawy z 11.3.2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2022 r. poz. 931; dalej:
VATU).
W związku z czynnością Naczelnika US Spółka złożyła skargę do WSA w Warszawie, żądając stwierdzenia
bezskuteczności czynności dokonanej przez Naczelnika US, naruszenia przez Organ przepisów VATU oraz
przepisów KPA, a także zasądzenia od Organu kosztów postępowania.
Stanowisko sądów
Sąd po rozpoznaniu skargi Skarżącej na czynność Naczelnika US uznał ją za zasadną, tj. stwierdził bezskuteczność
czynności wykreślenia Spółki z rejestru podatników VAT oraz zasądził od Naczelnika US zwrot kosztów
postępowania sądowego na rzecz Spółki. Ponadto WSA przyznał Skarżącej słuszność w kwestii naruszenia
przepisów prawa materialnego – art. 96 ust. 9a pkt. 3 w związku z art. 96 ust. 9e VATU, które zdaniem Sądu służą
uporządkowaniu rejestru podatników i pozwalają na ich ewentualne wykreślenie – jednakże przy odpowiednim
działaniu mającym na celu faktyczne ustalenie okoliczności i statusu każdego podatnika indywidualnie. Specyfika
działalności Spółki, tj. świadczenie głównie usług leasingu finansowego, uzasadnia możliwość niewykazania
sprzedaży, nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia – zgodnie z wykładnią art. 96 ust. 9e VATU.
Co istotne, Organ podczas rejestracji Spółki do VAT na terytorium Polski został o tym odpowiednio poinformowany.
Zatem specyfika działalności gospodarczej prowadzonej przez Spółkę była znana Organowi podatkowemu, a mimo
to nie podjął on dodatkowych czynności sprawdzających. Należy również wspomnieć, iż Spółka przez cały czas była
w gotowości do wykonywania czynności opodatkowanych.
W związku z powyższym Organ naruszył prawa Skarżącej, nie dając możliwości czynnego udziału w stosownym
postępowaniu podatkowym oraz nie ustosunkowując się do wspomnianych wyżej argumentów. Tym samym Sąd
uznał za zasadny zarzut naruszenia przepisów postępowania - art. 122 w związku z art. 180 § 1 oraz art. 187 § 1art.
207 § 1–2 ustawy z 29.8.1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2022 r. poz. 2651; dalej: OrdPU) przez Organ,
który zaniechał czynności sprawdzających, celem wykluczenia, czy w stanie faktycznym sprawy nie zachodzą
przesłanki z art. 96 ust 9e VATU.

Wyrok WSA był przedmiotem skargi kasacyjnej Organu do NSA. W wydanym orzeczeniu NSA podtrzymał
stanowisko przedstawione przez WSA i oddalił skargę kasacyjną. Uzasadniając swoje stanowisko, NSA wskazał, że
podjęcie decyzji o wykreśleniu podatnika z rejestru VAT nie zwalnia organu od ustalenia, w ramach czynności
sprawdzających, czy nie zachodzą szczególne przyczyny, o których mowa w art. 96 ust 9e VATU, należy bowiem
mieć na uwadze przeznaczenie tej regulacji.

Komentarz

Stanowisko sądów w zakresie stosowania art. 96 ust. 9 VATU celem wykreślenia podmiotu z rejestru czynnych
podatników VAT co do zasady wydaje się być jednolite. Zgodnie z ich orzecznictwem, skoro ustawodawca zamieścił
w regulacji przesłanki, które sprzyjają decyzji o wykreśleniu podatnika, to organ powinien adekwatnie zakomunikować
podatnikowi fakt spełnienia w jego ocenie tych przesłanek. W przeciwnym razie organ dopuszcza się także
naruszenia praw podatnika poprzez nieudzielenie mu niezbędnych informacji i wyjaśnień w związku z przedmiotem
postępowania oraz naruszenia zasady prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do
organów podatkowych, przewidzianej w art. 121 OrdPU, w związku z czym podatnik traci prawo do podjęcia
skutecznej i czynnej obrony (zob. wyrok WSA w Warszawie z 22.3.2017 r., VIII SA/Wa 639/16,
; wyrok WSA
we Wrocławiu z 5.3.2019., I SA/Wr 1164/18,
). Ponadto, analizując stan faktyczny podatnika, organy mają
obowiązek sprawdzić, czy nie zachodzą przesłanki z art. 96 ust. 9e VATU, które wykluczają stosowanie art. 96 ust 9a
pkt. 3 VATU, w przypadku gdy niewykazywanie czynności opodatkowanych w deklaracjach VAT przez okres 6
kolejnych miesięcy lub 2 kolejnych kwartałów wynika ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej, a podatnik
wykazuje wolę utrzymania statusu zarejestrowanego podatnika VAT i gotowość do wykonywania czynności
opodatkowanych.
W konsekwencji komentowany wyrok wydany przez NSA należy ocenić pozytywnie z perspektywy ochrony praw
podatników. Mianowicie wykreślenie podmiotu z rejestru czynnych podatników VAT bez odpowiedniego uzasadnienia
nie jest wystarczające, bowiem czynność ta wpływa na prawa i obowiązki określone w VATU i OrdPU. W związku
z tym podstawa prawna i faktyczna wyrejestrowania powinny być należycie uargumentowane przez organ, którego
dodatkowym obowiązkiem jest podjęcie odpowiednich czynności sprawdzających, w celu analizy faktycznego stanu
działalności gospodarczej podatnika.
Kontrowersje nadal może budzić jednak forma, w jakiej powinno nastąpić wykreślenie podatnika z rejestru VAT.
W komentowanym wyroku NSA orzekł, że czynność nie musi mieć formy decyzji administracyjnej, ponieważ
ustawodawca przewidział przeprowadzenie czynności sprawdzających bez konieczności zawiadamiania o tym
podatnika. Warto jednak zwrócić uwagę na orzecznictwo, w którym sądy administracyjne prezentują stanowisko, iż
wykreślenie podatnika z rejestru VAT nie stanowi jedynie czynności materialno-technicznej, a powinno przybrać
określoną formę decyzji, dzięki której podatnik zachowałby prawa i obowiązki, oraz zapoznałby się z skutkami sprawy
w zrozumiany dla niego sposób (zob. wyrok WSA w Gdańsku z 25.6.2019 r., I SA/Gd 557/19,
).

Opracowanie i komentarz: Aleksandra Piszczałka, konsultant w dziale prawnopodatkowym PwC
Wyrok NSA z 20.5.2022 r., I FSK 1592/19,

Wyrok NSA potwierdza, że wykreślenie podatnika z rejestru VAT bez odpowiedniego uzasadnienia nie jest wystarczające i organ powinien podjąć czynności sprawdzające. Komentarz wskazuje na konieczność zachowania praw i obowiązków podatnika oraz formę decyzji administracyjnej przy wykreśleniu.